分離的原理是基於離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用於親水性陰、陽離子的分離。

       大概流程:高壓輸液泵將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體係，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分被分離，並依次隨流動相流至檢測器。抑製型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑製係統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑製器。在抑製器中，流動相背景電導被降低，然後將流動出物導入電導池，檢測到的信號送至數據處理係統記錄、處理或保存。非抑製型離子色譜儀不用抑製器和輸送再生液的高壓泵，因此儀器結構相對比較簡單，價格也相對比較便宜。